在《隋唐演义》中秦琼是个义薄云天很讲义气的人，可武功并不是最强的，演义中一共排出了13条好汉，秦琼只名列第十三。实际上在《唐史》中，唯一提到的有万人敌之勇的将军，就是秦琼！
秦琼字叔宝，是齐州历城人。他最初在隋将来护儿手下做事，他的母亲死了，来护儿派遣使者向他的母亲赠衣被来凭吊她。
不久，秦琼跟随通守张须陀在下邳攻打敌人卢明月。敌军有十余万人，而张须陀所统帅的兵马只有敌人的十分之一，只能加固壁垒而不敢进攻。最后粮食吃完了，便想引兵退去。张须陀说：“敌人看到我们退兵，一定会用全部的人马来追我们，如果我们用精锐的士兵去袭击他们的营寨，一定能胜利，谁愿意为我去？”众人没有答话的。只有秦琼与罗士信自告奋勇愿意前往。于是分了一千精锐的士兵埋伏在草丛中，张须陀弃营撤军（假装）逃走，卢明月用全部的军队追击。秦琼等人骑马快速攻打敌营，城门关着进不去，于是爬上城楼拔下敌人的旗帜，杀了几十人，敌营中开始混乱，秦琼等人便砍断门闩迎接外面自己的军队，放火焚烧了三十多个屯。卢明月返还，张须陀回击，大败明月。又与孙宣雅在海曲进行战斗，秦琼第一个登上城楼。因为前前后后的功绩升为建节尉。
（秦琼）跟从张须陀在荥阳攻打李密。后来张须陀死了。秦琼率领剩下的部队归附裴仁基。裴仁基投降了李密，李密得到秦琼后很高兴，封他为帐内骠骑，待他非常好。李密和宇文化及在黎阳打仗，李密中箭落马，快要死了，追兵到，幸亏秦琼保护他，他才免于一死。
后来秦琼又归附王世充，代理龙骧大将军。他和程咬金商量说：“王世充很狡诈，多次与下属诅咒发誓，简直就是巫婆，不是能改变乱世的主人！”于是相约一同西去，秦琼骑着自己的马前去向王世充告别，说：“我自认为不能侍奉您，请让我现在告辞吧。”王世充不敢逼迫他，于是秦琼来投奔高祖。
高祖让他在秦王府做事。秦琼镇守长春宫，官拜马军总管。在美良川打仗，他打败了尉迟敬德，功劳很多，皇帝赐给他巨额赏赐，秦琼推辞不受，李渊不许，并慰劳他说：“你不顾念妻子儿女而来归附于我，并且又立了大功，如果我的肉可以吃，就应该割下来给你吃，何况是财物、美女呢!”后来又封他为秦王右三统军，他在介休击退宋金刚，官拜上柱国。跟从秦王讨伐王世充、窦建德、刘黑闼三个叛贼时，他没有不冲锋在前，在战场上激战的，战场上没有人是他的对手。进封为翼国公。每当敌军有勇猛的将士在军前出入来炫耀，秦王就命秦琼前去击败他。秦琼跃马挺枪在万军中（奔驰），没有不取胜的，因为这秦琼颇为自负。平定隐、巢后，他因功升官为左武卫大将军。
后秦琼逐渐多病，他曾经说：“我从小长在军队，经历二百多次战争，多次受重伤，出血有好几斛，哪能不生病呢？”死后，秦琼被追赠为徐州都督，他的灵柩被葬在昭陵
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