曲阜孔氏衍圣公府是中国家族史上的一颗常青树，历朝历代统治者尊孔崇儒必然恩及孔子苗裔。但是明初以后，朝廷只是封授孔子嫡裔威望崇高的衍圣公爵位，不再授予其官职。
1368年明洪武元年，孔克坚和其子孔希学赴南京觐见明太祖是孔子家族史的一个重要事件。洪武六年，孔希学又赴京觐见明太祖，两者之间又有一番对话。洪武元年、六年，孔克坚父子将他们与明太祖的对话镌刻入碑石，树立于其府第，现仍存衍圣公府（今称孔府）内，史家记作“朱元璋与孔克坚孔希学的对话碑”。
洪武戊申十一月十四日早朝，宣圣五十五代袭封衍圣公臣孔克坚，于谨身殿同文武百官面奉圣旨：“老秀才近前来，你多少年纪也？”臣对曰：“五十三岁也。”上曰：“我看你是个有福快活的人，不委付你勾当。你常常写书与你的孩儿。我看他资质也温厚，是成家的人。你祖宗留下三纲五常垂宪万世的好法度，你家里不读书是不守你祖宗法度，如何中用！你老也常写书教训者，休怠惰了。于我朝代里，你家里再出一个好人呵不好。”二十日于谨身殿西头廊房下奏上位：“曲阜进表的回去，臣将主上十四日戒谕的圣旨备细写将去了。”
所谓“不委付你勾当”，就是不委付孔克坚官职。从明太祖的语辞看，他对孔克坚并无礼遇之意，因为“秀才”一词是元朝对读书人的通称，而孔克坚在元朝后期世袭公爵，官至秩二品，有礼部尚书和侍御史等实职，非一般读书人可比。朱氏对孔氏是教训的口气，一是教孔克坚遵守祖宗法度，效忠于大明王朝。二是教孔克坚多读书写书，以训诫孔氏子弟。当然读与写的都是“三纲五常”为主旨的内容。由此可见明太祖朱元璋、孔克坚二人关系紧张，明太祖是十分不喜孔克坚的。
为什么朱元璋不喜欢曲阜孔氏？
其一，元朝后期曲阜孔氏在仕途上颇为顺畅，入仕版者众多，孔克坚和孔思立等更是位列高官显贵，颇得元顺帝和蒙古色目官员的青睐。
早在十三世纪二十年代，蒙古、金朝、南宋争夺中原汉地时，孔子五十一世孙孔元用审时度势，率曲阜孔族和庶族降附大蒙古国的国王孛鲁，其子孙得以世袭曲阜令。孔子五十世孙孔鼒和孔子五十三世孙孔淑两家也因获知于忽必烈或随从元军征宋而进入仕途。不过，自孔元用降蒙至忽必烈末年，曲阜孔氏入仕者仅十余人，且官职低微。元朝中期起，蒙廷尊孔崇儒，恩及孔子后裔，孔氏凭藉其补文学掾的恩例，大量进入仕途，但官职仍然不高，多为下品，中品者鲜少。至元朝后期，即元顺宗时期，曲阜孔氏开始出了数位高官。
在元朝与红巾军的战争中，孔克坚站在元朝廷一边，为其出谋划策，自然是朱元璋的对立面。朱元璋建国号、称皇帝后，孔克坚仍称病不赴诏。徐达攻占曲阜，孔克坚成了大明国的俘虏。
其二，曲阜孔氏在异族蒙古统治下，世袭衍圣公的品秩不降反升，倍增荣光。元顺帝虽未曾至曲阜，却频频遣使诣阙里祀孔，作出尊孔崇儒的姿态。当孔克坚接到朱元璋要他赴京觐见的诏令后，心里恐怕是五味杂陈，朱氏本以草莽英雄起家，未必能够坐稳江山，然明军已经把元顺帝赶出大都，元朝已日薄西山，顺帝困守漠北，能否东山再起，也很难预料，因此难免首鼠两端。
元朝末年，面对声势浩大的农民起义，元廷有意利用衍圣公的声望控制山东地区，笼络汉族人心。孔克坚也为元廷镇压农民起义出谋划策，企图挽救元朝统治于不坠。据史料，元朝廷与红巾军决战于大都，虽出于贺太平的力争，其思谋当出于孔克坚。如此，看来孔克坚有大功于元朝。
此外，因孔氏受元朝厚恩，在元朝尚未灭亡的情况下迅速投降新的王朝，也会落下背信弃义、违背祖训的骂名。
事实上，起义农民对孔子还是尊崇的，对孔子后裔并不仇视。曲阜孔氏既受元朝厚恩，而忠诚于元朝，仇视红巾军，应该是合乎情理的。这也正是出身于红巾军的明太祖不喜孔氏的深层次原因。
总之，虽然明代曲阜孔氏家族人口出现了爆炸式增长，但明廷对曲阜孔氏“不烦以政”的政策，致其在仕版者较之蒙元时期大为减少了。
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