张献忠在四川等地多施行暴政，屠城无数，几乎将四川人杀绝；而所谓纪律严明的李自成，在武关屠城；其所过之处，“凡有身家，莫不破碎；衣冠之族，骚然不得安生，甚则具五刑而死者比比皆是”他在攻破偃师后的屠城，受害者就大都是普通老百姓
农民军每到一地，首先捕杀皇族，从崇祯十四年至十七年，就有福王、唐王、崇王、岷王、代王、蜀王、楚王等数十个显贵王爷被农民军整家杀掉。至于郡王及将军之下，被杀的更是不计其数。就这样数以百万计的明朝宗室皇族遭到惨无人道的灭绝性屠杀。比如山西，农民军在平阳杀了西河王一族三百余人，在太原先杀了晋王一族中高级皇族四百余人，后又捕杀了中底层宗人千余，而在大同则杀了代王一系4000多名宗室。据统计，仅在山西一地，李自成就杀了朱元璋一万多名后代，山西一地仅是缩影。李自成兵锋过处，那些明朝皇族几乎没有活下来的。在攻克洛阳时，福王朱常洵被活剐与鹿血掺在酒中，名“福禄酒”，开怀畅饮。在襄阳，张献忠俘获襄王朱翊铭，尽管朱翊铭跪地乞生，而张献忠并没有放过他的家族。张献忠克武昌，俘获楚王朱华奎，将其活沉西湖，楚王宫殿楼阁近千间也被付之一炬。张献忠攻占常德，荣王宗室均被杀。攻克重庆，将蜀王朱常浩及其家人尽杀……。
在明末战乱之中，皇族的死亡率也创了社会各阶层之最。明末起义军诛戮明皇室成员，一个最大的特点是坚决、彻底。只要是朱元璋的后代，不论主动投降还是被动俘获，不论立地不跪还是苦苦求生，不论拒不交待藏宝地点还是痛痛快快地献出所有财富，结果都是一样：一律诛灭。史书中涉及王府在兵锋下的遭遇，所用的词都是“尽”、“皆”、“合族”。史家总结道：“凡王府宗支，不分顺逆，不分军民，是朱姓者，尽皆诛杀，在城乡绅，亦无噍类
农民军所过之地，当地的士绅和儒士都受到不同程度的冲击，部分私人收藏的图书，和书院馆藏的史料典籍都遭到破坏。有的散佚甚至是尽毁。
看到上面朱明皇族成员被活剐，这才是任贼分裂朕尸，毋伤百姓一人的这句话的由来，是对李自成说的而不是对清军说的，吴三桂率军到达山海关，火速西进京畿的过程中突获京师被李自成攻陷而崇祯自缢的消息，明朝的灭亡使吴三桂失去倚靠，遂放清军入关来联清抗击农民军，打退了李自成并占领北京，多尔衮作为最高领导人并没有屠北京城，相反命手下禁止私闯民宅，保护百姓私人财物，清军虽有扬州十日嘉定三屠的暴行，但这是其疆域扩张，尾大不掉，天高皇帝远其部下将领多泽的私人行为，战争本身的特性就伴随着残酷和恐怖，屠杀不分统治者是哪个民族的政权和还是满汉，包括明清以前的历史，后来的太平天国运动，庚子拳乱，北洋军阀混战，国共内战，还有国外的萨拉热窝围城，ISIS，叙利亚内战。李自成张献忠农民军所过之处，生灵涂炭，屠城并不少，汉人杀汉人，造就白骨遍野十室九空，并有了清初的湖广填四川。覆亡的明朝让吴三桂两面受敌，外有后金，内有闯贼，让吴三桂另寻新主之前不得不对后金和李自成两个势力之间有个权衡，崇祯帝早期中了后金的反间计杀了袁崇焕就已经让祖大寿失望失去民心并投奔后金，吴三桂和祖家又是联姻关系，加上李自成抢了吴三桂的爱妾陈圆圆并劫持他的家人为人质，朱明皇族成员还有亡明的官员大臣包括吴三桂在内都是恨农民军罄竹难书大过后金，清政府又实行了高官厚禄收买的政策，亡明官僚纷纷归降清朝，对他们封王封侯，宠荣备至，导致吴三桂最后投奔后金，后来的历史研究也表示，李自成不是汉人，在称帝之后开始认祖归宗，他没有认唐太宗李世民，也没有认圣人李耳，而是以西夏北魏鲜卑后裔李继迁为太祖，本姓拓跋氏，出身党项族平夏部。而西夏，就是由党项人组成，宋代时历经十帝，享国一百八十九年。而李自成的相貌颧骨突出，眼窝深凹，眼睛像鹰，鼻子如蝎，与汉人有不小的差异，却与党项人有些相似。
统一后的的清朝吸取了明末和历代农民造反危及到统治根基的教训，加上社会矛盾复杂，为了避免重蹈覆辙，防止人们反抗，巩固自己的统治，变得越来越保守、死板，针对全民族出现了剃发易服，文字狱的文化断层。
至于为什么推翻明朝后鼠疫就消失了
史载，福建一名医在京城用“刺血法”(放血疗法)治疗鼠疫有奇效，每天排队上门求诊者多达万人。但是幸存者偏差，死亡的还是不在少数，见则死，至有灭门者，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，运送棺材出城的队伍把城门都堵了，因疫情人口的大量减少，将刚死去的尸体被及时处理掩埋，百姓的大量外逃也让传染烈度降了下来，传染逐渐接近尾声，到了崇祯十六年10月之后，严寒冬季的到来，京城鼠疫疫情就逐渐得到控制，到来年4月李自成大军打到城下攻占北京时，京城疫情已基本上过去，那时的北京城，已经被鼠疫折磨了一年多，迎接他的，是早已元气大伤的一座“空城”。
至于清军，更是占了身处关外苦寒之地、远离中原疫情重灾区的“光”。清军大举入关并击败农民军进占京城之际，肆虐关内达10年之久的鼠疫早已经落幕，而明王朝却在内外交困中崩塌，从这个意义上来讲，清军则趁势“摘桃子”取天下，残血抢人头
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