明代基本承袭元制，对康藏地区采取“多封众建，尚用僧徒”的政策。《明史》卷九十载：“洪武初，遣人招谕，令各族举旧有官职者至京，授以国师及都指挥、宣慰使、元帅、招讨等官。俾因俗以俗，俱给印诰，传以为信”。规定受封的僧俗官员，必须定期入朝进贡。朝贡是中央王朝处理与边疆民族关系的一种政治谋略，其目的在于强化中央王朝对边疆民族地区的控制，所追求的不是经济利益，而重在政治效应。土司向朝廷纳贡是臣服于中央王朝的表示，接受朝贡乃是朝廷权力的象征。《圣武记》卷七载：“土司贡赋或比年一贡，或三年一贡，各因其土产、谷、米、皮、布皆折以银，而会计于户部”。朝廷接受土司的贡赋后，也要以金银饰品、绸缎布帛、茶叶粮食、生活用品乃至生产工具，予以回赐。
洪武二年（1369年)，在理塘设扎兀东思麻千户所。洪武五年（1372年），置朵甘卫（甘孜、德格、昌都一带），授元朝故官为“武卫、诸司等官，镇抚军民，皆给诰命”。洪武六年（1373年)，升朵甘卫为行都指挥使司，与乌斯藏(卫藏)行都指挥使司分管整个藏区，行都指挥使司下辖若干万户府、招讨司、千户所等。这一时期先后在境内设置大小土司18员，分别是：朵甘万户府(德格)、沙儿可甘万户府(新龙境内)、朵甘思宣慰司(德格、白玉一带)、朵甘思招讨司、朵甘陇答招讨司、朵甘川招讨司(甘孜一带)、朵甘丹招讨司(邓柯、石渠)、磨儿勘招讨司(巴塘、昌都、芒康)、朵甘仓塘招讨司(白玉昌台)，以及麻绒(白玉麻绒)、朵甘思(甘孜)、多八参孙(甘孜拖坝)、孛里加、孛里加思东(甘孜生康)、兆日(新龙境内)、刺宗(巴塘境内)、加巴(康定木雅)等千户所和岩州卫(泸定岚安乡)。洪武十六年(1383年)置长河西等处军民安抚司。洪武三十年(1397年)改置长河西鱼通宁远宣慰使司，又设沈边长官司(泸定南部，佛耳岩以下大渡河西岸)、冷边长官司(泸定北部，佛耳岩以上大渡河东岸)、长河西土千户(泸定北部大渡河西岸自扯索坝观音岩至康定县境大藏桥)、杂道长官司(泸定北部大渡河东岸岔道一带)。明成祖永乐五年(1407年)，明军征云南，长河西土酋阿旺坚参招集十八路头目，在打箭炉设帐供应夫差，积极为明军征调马匹，转输粮饷。明王朝以“从征军功”授予阿旺坚参“长河西鱼通宁远宣慰使司”之职，颁铜方印一颗。由此，正式确立了明正土司在打箭炉的统治地位。
明正德年(1506年)至崇祯十二年(1639年)的130年时间里，云南丽江纳西族木氏土司得到明王朝的支持，扩张势力，“攻吐蕃地，自奔子栏以北蕃人惧，皆降”。木氏土司占据康南一个多世纪，设宗(相当于县)管理，除派一大头人驻扎巴塘外，以巴塘为中心建立得荣麦那(得荣)、日雨中咱(巴塘中咱地区)、宗岩中咱(宗岩)、刀许(波柯)、察哇打米(昌都盐井)等五个宗进行统治。
明崇祯十年(1637年)漠西卫拉特蒙古和硕特部首领固始汗自新疆起兵攻占青海，崇祯十二年(1639年)由青海率兵南下，占领康北，迅即出兵康南，驱走木土司，两年内征服康区各部。固始汗进兵康北时，德格第七代土司拉青?向巴彭错与其结为军事联盟，攻打霍尔白利并擒杀白利土司邓悦多吉，占据了白利土司的玉隆、中杂柯和绒巴岔等部分地方。之后，德格土司家族势力更加膨胀，兼并林葱土司属下头人辖地，逐步取代了林葱土司在德格、邓柯、石渠、白玉、同普等地的统治。在康北甘孜、炉霍一带，有固始汗子孙分驻于孔撒、麻书、白利、东谷、杂科、章谷、朱倭等地，世称“霍尔七部”。在打箭炉木雅地区及理塘、巴塘，固始汗和他的曾孙拉藏汗及西藏地方政权，曾先后设置“第巴”，“征收税赋，以养青海蒙古军队”。固始汗统治藏区后，青海蒙古瓦述部落随之入境，游牧于康北草原，逐渐渗入康南和康东草原(色达、石渠、甘孜、炉霍、新龙、理塘、道孚等县)。
明朝土司制度已比较完备，有以下四个特点。
第一个特点是在土司官位设置上分别流土，专门设置了有别于流官的土司职衔。据《明史土司传?序》载：“明洪武初，西南夷来归者，即用原官授之。”“国朝兵平六诏，诸夷纳土，乃各因其酋长，立为宣慰、安抚等官”。品级自从三品的宣慰使到从九品的土吏目，规定详尽。《明史?职官志》记载，土司职衔及品级包括：
宣慰司——宣慰使一人(从三品)，同知一人(正四品)，副使一人(从四品)，佥事一人(正五品)。其属经历一人(从七品)，都事一人(正八品)。
宣抚司——宣抚使一人(从四品)，同知一人(正五品)，副使一人(从五品)，佥事一人(正六品)，其属经历一人(从八品)，知事一人(正九品)，照磨一人(从九品)。
安抚司——安抚使一人(从五品)，同知一人(正六品)，副使一人(从六品)，佥事一人(正七品)，其属吏目一人(从九品)。
招讨司——招讨使一人(从五品)，副招讨使一人(正六品)。
长官司——长官一人(正六品)，副长官一人(从七品)。
第二个特点是开设了土司衙门，按不同品级详细规定了土司的权力、职责和义务等，由此搭建了土官施展权责的平台。土官有了施政衙门之后，随之就有了“土司”这个专用名词，土司也就成为地方行政权力的象征。
第三个特点是规范了土司任命与承袭程序，规定所有土司必须由朝廷任命，颁发印信、号纸、按品级赐授冠带，才能正式开衙使权。对于土司的承袭，规定“必奉朝命”，并对土司承袭的具体过程详加控制。凡承袭土司职衔者，必须先“申报抚按勘明”，经同族保结，待该管衙门查明情况属实后，再由布政司“代为奏请”，经批准后，新任土司还要赴京受职，受取号纸。
第四个特点是完善了对土司的日常管理制度。明王朝规定“隶验封者，布政司颁之；隶武选者，都指挥颁之。”即土司中的文官，由地方行政长官统领约束；土司中的武官，由地方军事长官统领约束。土司不仅要听从地方长官的指挥，定期向上汇报情况，而且一旦有军事行动，如守边、平叛等，必须随时听从调遣。这种文武相维之制，有利于中央集权的统一，有利于朝廷对土官的控制。
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